O PVNC-PJ trabalha numa perspectiva de autogestão comunitária, sem nenhuma dependência de quaisquer organizações ou instituições mantenedoras. Nosso único vínculo mais direto é com a Catedral Diocesana de Santo Antônio, onde nos localizamos desde a nossa fundação em 1994. Por nossa relação essencial com a Pastoral da Juventude, temos um diálogo mais próximo com a igreja católica progressista, mas isso não significa que sejamos um projeto confessional. Sendo assim, garantimos a liberdade de crença de nossos alunos e professores, bem como primamos pelo respeito às mais diversas manifestações e credos, cultuando sempre o convívio fraternal entre elas.

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Os custos de manutenção do PVNC-PJ são mantidos por meio das contribuições mensais dos alunos. Portanto, o PVNC-PJ não é um curso gratuito. Todavia, nenhum professor, coordenador ou colaborador recebe qualquer tipo de salário, bolsa ou "divisão de lucros". Todos são completamente voluntários. A eles é oferecido apenas o dinheiro da passagem nos dias em que estão atuando no projeto. Ainda assim, muitos abrem mão desse valor por opção própria. A maior parte dos gastos mensais do PVNC-PJ são, além dessas passagens, material de secretaria, contribuição mensal para a manutenção do prédio da igreja etc.

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O material usado pelos professores é disponibilizado para a turma por meio do grupo criado no Facebook pela coordenação. Também é possível que alguns professores deixem listas para serem reproduzidas cópias. Esses custos cabem diretamente aos alunos, mas nada impede que, em havendo necessidade, alternativas sejam criadas para garantir que todos tenham acesso ao material. Do mesmo modo, para aqueles que não conseguem isenção do valor das inscrições nos vestibulares, podemos pensar em rifas ou outras formas de arrecadação. Num projeto de dimensão comunitária, todos devem ser corresponsáveis por tudo e por todos.